Existen pocas contraindicaciones para la Oxigenación Hiperbárica. De hecho, un libro de Medicina Hiperbárica cita "De todos los tratamientos medicos que se encuentran en hospitales y clinicas, la oxigenación hiperbárica es una de las mas benignas en cuanto a efectos secundarios se refiere. Las contraindicaciones son relativamente muy pocas."

Sin embargo, existen condiciones pre-existentes que deben de tomarse en cuenta a la hora de evaluar a cada paciente en particular.

Contraindicaciones relativas

Estas son condiciones en las que hay que tener precaución pero no necesariamente excluyen al tratamiento de OHB como una opción para el paciente. El medico valorará los beneficios de la terapia contra los posibles efectos secundarios.

• Infecciones respiratorias - Estas condiciones dificultan la capacidad del paciente para compensar la presión en los oidos y pueden provocar aerosinusitis También llamada "barotrauma sinusal" En estos casos se interrumpe el tratamiento por unos dias hasta que la infección baje o se utilcen descongestionantes.
• Fiebre alta - En la mayoria de los casos la fiebre debe de regularizarse antes de entrar a la Cámara Hiperbárica.
• Ataques - Estos no son un impedimento siempre que el paciente entre acompañado por algun familiar capaz de controlar un evento de esta naturaleza. Si el paciente sufre un ataque dentro de la cámara, "No hay problema" se retira la mascarilla hasta que el paciente se recupere y se continúa con la sesión.
• Enfisema pulmonar con retención de CO2 - Esta condición puede llevar a neumotórax durante el tratamiento de OHB.
• Tumores malignos - Existía la creencia de que las terapias de OHB y el subsecuente incremento de oxígeno, pueden acelerar el crecimiento de los tumores. Estudios recientes indican que ésto No es cierto.

Contraindicaciones absolutas

• Neumotórax no tratado - Es una acumulación de aire o gas en el espacio pleural que rodea a los pulmones.
• Embarazo
  

Tampoco pueden entrar a la camara pacientes que hayan tomado o estén tomando los siguientes medicamentos:

• Doxorrubicina (Adriamicina) - Droga utilizada en quimioterapias.
• Disulfiran (Antabuse) - Droga utilizada en el tratamiento de alcoholismo.
• Cis-Platinum - Una droga para el cancer.
• Acetato de Mafenide (Sulfamilon) - Suprime las infecciones bacteriales  en heridas por quemaduras.